1978年10月成立民族宗教研究室，1996年6月改為青海省社會(huì)科學(xué)院民族宗教研究所。屬青海省社會(huì)科學(xué)院具有地方特色的優(yōu)長(zhǎng)學(xué)科研究機(jī)構(gòu)之一。先后有22名研究人員在所內(nèi)工作。歷任所長(zhǎng)：劉醒華、蒲文成、穆興天、馬連龍；歷任副所長(zhǎng)：蒲文成、拉毛扎西、穆興天、呂建福、拉毛措、馬連龍；現(xiàn)任副所長(zhǎng)鄂崇榮?，F(xiàn)有研究人員6名，由藏、回、土、撒拉、蒙古族五個(gè)民族組成，其中副研究員3人、助理研究員1人、研究實(shí)習(xí)員1人、助理圖書(shū)館員1人。
該所以世居青海的藏族、回族、土族、撒拉族、蒙古族5個(gè)少數(shù)民族為主要研究對(duì)象，研究其各種文化現(xiàn)象以及相關(guān)的民族宗教理論和民族宗教問(wèn)題。
多年來(lái)該所在民族歷史、民族文化、民族理論與政策、藏傳佛教、秘密佛教、伊斯蘭教、民間信仰、宗教與現(xiàn)代社會(huì)相適應(yīng)等領(lǐng)域成果豐碩。共承擔(dān)中華社科基金課題10項(xiàng)，省社科基金課題10項(xiàng)，委托課題15項(xiàng)。先后進(jìn)行了我國(guó)藏族聚居區(qū)社會(huì)歷史、宗教和藏傳佛教教派、我省農(nóng)牧區(qū)民間信仰與兩個(gè)文明建設(shè)、1996年全省宗教大調(diào)研、1999年全省民族問(wèn)題大調(diào)研、2003年中國(guó)少數(shù)民族現(xiàn)狀與發(fā)展調(diào)查、三江源區(qū)生態(tài)保護(hù)與建立生態(tài)補(bǔ)償機(jī)制以及回族教育問(wèn)題等大型調(diào)研工作。至2010年共出版專(zhuān)著、譯著44部，發(fā)表學(xué)術(shù)論文和調(diào)查報(bào)告330多篇，資料及其他成果17種，文字總量約960多萬(wàn)字。主要專(zhuān)著有《中國(guó)密教史》、《歷輩達(dá)賴(lài)?yán)锱c中央政府的關(guān)系》、《覺(jué)囊派通論》、《甘青藏傳佛教寺院》、《塔爾寺概況》、《藏傳佛教與藏族社會(huì)》、《青海少數(shù)民族》、?